La struttura nazionale della FNP CISL è composta dalla Segreteria Generale, la Segreteria Generale Aggiunta, 5 Dipartimenti, ognuno dei quali fa capo ad un Segretario Nazionale, il Coordinamento Donne, l'Ufficio Legale e l'Ufficio Stampa.

La FNP Cisl si articola a sua volta in strutture regionali o interregionali e strutture territoriali. La struttura territoriale si articola in strutture di base denominate RLS (Rappresentanze Locali Sindacali), a livello zonale, distrettuale, intercomunale e comunale. Il territorio delle FNP regionali o interregionali corrisponde a quello di ogni singola Regione. Il territorio sul quale opera la FNP territoriale è costituito dai Comuni ad esso assegnati. Il territorio sul quale opera la RLS è costituito dalle zone e dai Comuni assegnati.

La struttura territoriale della FNP CISL IRPINIASANNIO ha una propria autonomia funzionale ed amministrativa ed è composta dalla Segreteria, dal Consiglio Generale, dal Comitato Esecutivo, dal Collegio dei Sindaci, dai Raggruppamenti Tecnici e dal Coordinamento Donne. Per il territorio di propria pertinenza, è titolare delle decisioni di politica sindacale, nell'ambito degli indirizzi fissati dalla Federazione negli ambiti di propria competenza, promuove e designa la propria rappresentanza presso i vari enti in cui sia prevista la presenza delle Organizzazioni sindacali.

Ha un ruolo di rappresentanza dei pensionati e degli anziani nel territorio dell'Irpinia e del Sannio.