La struttura territoriale della FNP CISL IRPINIASANNIO ha una propria autonomia funzionale ed amministrativa ed è composta dalla Segreteria, dal Consiglio Generale, dal Comitato Esecutivo, dal Collegio dei Sindaci e dal Coordinamento Politiche di Genere. Per il territorio di propria pertinenza, è titolare delle decisioni di politica sindacale, nell'ambito degli indirizzi fissati dalla Federazione negli ambiti di propria competenza, promuove e designa la propria rappresentanza presso i vari enti in cui sia prevista la presenza delle Organizzazioni sindacali. Ha un ruolo di rappresentanza nel territorio dell'Irpinia e del Sannio  e concorre alla nomina delle/dei proprie/i rappresentanti negli Organismi della sola provincia che comprende la maggior parte del territorio comprensoriale, tenendo conto altresì del numero delle/degli iscritte/i.