La struttura nazionale della FNP CISL è composta dalla Segreteria Generale e da 6 Dipartimenti, ognuno dei quali fa capo ad un segretario nazionale. I Dipartimenti sono: Coordinamento Politiche di genere, Ufficio Legale, Ufficio Stampa, Dipartimento Formazione, Dipartimento Comunicazione, Dipartimento Amministrazione, Dipartimento Politiche Socio-Sanitarie, Dipartimento Politiche Previdenziali-Fiscali e Dipartimento Politiche Organizzative.